MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa3 complete genome

Total Repeats: 2621

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020940	A	6	6	1803	1808	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020940	AAG	2	6	1820	1825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020940	TGG	2	6	1836	1841	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020940	CTT	2	6	1843	1848	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_020940	T	7	7	1847	1853	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020940	A	6	6	1858	1863	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020940	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020940	T	6	6	2239	2244	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020940	TAA	2	6	2251	2256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020940	T	7	7	2261	2267	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020940	TC	3	6	2270	2275	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_020940	A	6	6	2333	2338	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020940	GCA	2	6	5655	5660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_020940	A	6	6	5666	5671	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020940	AGA	2	6	5682	5687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020940	CAAAAA	2	12	6852	6863	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_020940	GGAG	2	8	6906	6913	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020940	CTT	2	6	6962	6967	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_020940	TATG	2	8	7555	7562	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020940	GA	3	6	7598	7603	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020940	A	6	6	7613	7618	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020940	TATTT	2	10	7634	7643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020940	ATTT	2	8	7696	7703	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020940	TTA	2	6	7754	7759	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020940	TTTG	2	8	7788	7795	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020940	GAA	2	6	7803	7808	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020940	ATG	2	6	7838	7843	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020940	A	6	6	9731	9736	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020940	TTC	3	9	9776	9784	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020940	ATC	2	6	9792	9797	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_020940	A	6	6	9816	9821	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020940	GAA	2	6	9830	9835	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020940	A	6	6	9886	9891	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020940	TATT	2	8	9910	9917	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020940	CCT	2	6	9931	9936	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_020940	TAG	2	6	11792	11797	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020940	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020940	CTT	2	6	11842	11847	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_020940	TA	3	6	11848	11853	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020940	TCA	2	6	11879	11884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_020940	AAT	2	6	13865	13870	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020940	ACC	2	6	13876	13881	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
43	NC_020940	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020940	TA	3	6	13939	13944	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020940	ATT	2	6	13973	13978	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020940	AAG	2	6	13990	13995	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020940	AAGG	2	8	14037	14044	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020940	AAG	2	6	14049	14054	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020940	AAC	2	6	14133	14138	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_020940	TA	4	8	14162	14169	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020940	CTT	2	6	15556	15561	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_020940	CAAA	2	8	16671	16678	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_020940	AG	3	6	18114	18119	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020940	GA	3	6	18127	18132	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020940	GTT	2	6	18229	18234	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020940	GAA	2	6	18973	18978	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020940	AAT	3	9	19037	19045	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020940	CT	3	6	19049	19054	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_020940	TCT	2	6	19065	19070	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_020940	CTT	3	9	20491	20499	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_020940	T	6	6	20498	20503	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020940	T	6	6	20505	20510	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020940	GAA	2	6	21016	21021	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020940	A	6	6	21078	21083	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020940	AG	3	6	21115	21120	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020940	A	6	6	21153	21158	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020940	CCT	2	6	21164	21169	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_020940	GGA	2	6	21210	21215	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020940	AGA	3	9	21250	21258	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020940	GA	3	6	21273	21278	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020940	TGG	2	6	21469	21474	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020940	AAC	2	6	21508	21513	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_020940	AGC	2	6	21525	21530	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_020940	AGG	2	6	21614	21619	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020940	TGA	2	6	21726	21731	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020940	AG	3	6	21790	21795	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020940	TCC	2	6	21843	21848	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_020940	CT	3	6	21859	21864	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_020940	CGCT	2	8	21867	21874	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
80	NC_020940	TTAA	2	8	21888	21895	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020940	GTTA	2	8	21925	21932	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020940	GATC	2	8	21980	21987	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_020940	AAT	2	6	22019	22024	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020940	A	7	7	25159	25165	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020940	TTA	2	6	25172	25177	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020940	T	9	9	25187	25195	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020940	GA	3	6	27111	27116	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020940	CT	3	6	27118	27123	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_020940	ACT	2	6	27126	27131	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_020940	A	6	6	27142	27147	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020940	T	7	7	27154	27160	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020940	T	7	7	28468	28474	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020940	TAA	2	6	28479	28484	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020940	TC	3	6	28486	28491	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_020940	ATTG	2	8	28537	28544	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020940	AG	3	6	28569	28574	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020940	AGA	2	6	28591	28596	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020940	AAAGA	2	10	33691	33700	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020940	CTG	2	6	33720	33725	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_020940	GA	3	6	36983	36988	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020940	T	8	8	37017	37024	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020940	CTT	2	6	37076	37081	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_020940	AT	3	6	37084	37089	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020940	CT	3	6	39351	39356	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_020940	TAA	2	6	39414	39419	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020940	T	6	6	39434	39439	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020940	AAG	2	6	39455	39460	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020940	A	8	8	40712	40719	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020940	CT	3	6	40722	40727	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_020940	T	6	6	40727	40732	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020940	CTC	2	6	40733	40738	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_020940	AAG	2	6	40818	40823	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020940	T	8	8	40908	40915	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020940	CT	3	6	42914	42919	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_020940	TGCAA	2	10	42925	42934	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_020940	ATG	2	6	42975	42980	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020940	GAG	2	6	42989	42994	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020940	T	6	6	43034	43039	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020940	T	8	8	43081	43088	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020940	ACC	2	6	43133	43138	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_020940	A	6	6	43180	43185	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020940	GA	5	10	43190	43199	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020940	A	7	7	43229	43235	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020940	CAAAA	2	10	43244	43253	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_020940	A	7	7	43250	43256	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020940	GAT	2	6	43274	43279	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020940	AAG	2	6	43280	43285	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020940	A	8	8	43318	43325	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020940	GGA	2	6	43332	43337	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020940	TAA	2	6	43430	43435	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020940	TC	3	6	44406	44411	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_020940	TGTT	2	8	44415	44422	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020940	A	7	7	44454	44460	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020940	T	7	7	44536	44542	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020940	TA	3	6	44558	44563	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020940	AAG	2	6	44570	44575	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020940	GGA	2	6	44614	44619	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020940	AATA	2	8	44653	44660	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020940	ACT	2	6	44661	44666	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_020940	AAG	2	6	46512	46517	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020940	AAGT	2	8	48575	48582	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020940	TAA	2	6	48584	48589	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020940	A	6	6	48588	48593	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020940	GAA	2	6	48601	48606	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020940	GAAGA	2	10	48609	48618	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020940	G	6	6	48619	48624	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020940	AG	3	6	48640	48645	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020940	TGT	2	6	48659	48664	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020940	T	8	8	49205	49212	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020940	GGT	2	6	49261	49266	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020940	GTC	2	6	49337	49342	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_020940	AAG	2	6	49359	49364	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
153	NC_020940	TAT	2	6	49388	49393	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_020940	T	8	8	49482	49489	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_020940	A	6	6	49533	49538	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_020940	T	6	6	49643	49648	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_020940	AGA	2	6	50158	50163	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
158	NC_020940	CTATT	2	10	50187	50196	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
159	NC_020940	AAG	2	6	50220	50225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
160	NC_020940	TCT	2	6	50234	50239	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_020940	ACT	2	6	50275	50280	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_020940	T	7	7	50295	50301	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_020940	AAT	2	6	50310	50315	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_020940	TGT	2	6	50332	50337	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
165	NC_020940	GCC	2	6	50379	50384	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
166	NC_020940	ATT	2	6	50428	50433	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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169	NC_020940	TAA	2	6	52005	52010	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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171	NC_020940	AGT	3	9	52073	52081	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
172	NC_020940	GAT	2	6	52618	52623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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174	NC_020940	TATT	2	8	52669	52676	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_020940	AAG	2	6	52696	52701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
176	NC_020940	AAT	2	6	52723	52728	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_020940	ATT	2	6	52735	52740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_020940	T	6	6	53721	53726	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_020940	TGTT	2	8	54537	54544	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
182	NC_020940	AATTT	2	10	54545	54554	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_020940	T	6	6	54552	54557	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_020940	TAAT	2	8	54582	54589	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_020940	GA	3	6	56106	56111	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
186	NC_020940	T	6	6	57905	57910	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_020940	TAA	2	6	61335	61340	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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196	NC_020940	T	7	7	61449	61455	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_020940	TAA	2	6	94578	94583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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291	NC_020940	TAA	2	6	94651	94656	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_020940	CTTTT	2	10	94741	94750	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
293	NC_020940	T	6	6	94763	94768	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_020940	T	7	7	94771	94777	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
295	NC_020940	T	8	8	94799	94806	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
296	NC_020940	ATT	3	9	94868	94876	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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439	NC_020940	CT	3	6	172435	172440	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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442	NC_020940	AAG	2	6	173439	173444	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
443	NC_020940	ATA	2	6	173492	173497	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
444	NC_020940	AAC	2	6	173516	173521	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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448	NC_020940	A	6	6	173588	173593	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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451	NC_020940	A	6	6	173644	173649	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
452	NC_020940	ATT	2	6	173736	173741	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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457	NC_020940	TTA	2	6	180433	180438	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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471	NC_020940	T	7	7	183169	183175	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
472	NC_020940	AAAG	2	8	183221	183228	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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474	NC_020940	T	8	8	184610	184617	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
475	NC_020940	ATA	2	6	184660	184665	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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484	NC_020940	T	7	7	186578	186584	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
485	NC_020940	A	6	6	186600	186605	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
486	NC_020940	T	6	6	186622	186627	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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